توجد في مصر مؤسستان دينيتان من أقدم وأهم المؤسسات بالنسبة للدين التي تمثله كل منهما:
- الأزهر، الذي بناه الفاطميون لنشر المذهب الإسماعيلي في شمال أفريقيا، قبل أن يحوله صلاح الدين الأيوبي إلى جامعة سنية ليصير أحد أهم أعمدة الإسلام السني في العالم. وشيخ الأزهر حاليا الشيخ الدكتور أحمد الطيب الرئيس السابق لجامعة الأزهر ودار الإفتاء المصرية.
- دار الإفتاء التي تأسست عام 1895م والتي يترأسها مفتي الديار المصرية، ويتولّى هذا المنصب حاليًا الشيخ علي جمعة
- الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، وهي إحدى أقدم الكنائس المسيحية في العالم وواحدة من الكنائس الخمس الأول، وكنيسة الإسكندرية هي مقر الجالس على كرسي مار مرقس وهو بابا الإسكندرية وبطريارك الكرازة المرقسية، والبابا الحالي هو الأنبا شنودة الثالث.
